Bermula dari sebuah Klinik Bersalin (kraamkliniek) dan Balai pengobatan yang didirikan oleh Zending tahun 1934 sebagai fasilitas pelengkap pabrik gula di desa Klampok Kecamatan Purwareja Klampok Banjarnegara. Sejak 31 Mei 1970 BP Emanuel dipimpin oleh seorang dokter umum dengan penambahan fasilitas bangunan dan fasilitas kesehatan lainnya. Tanggal tersebut kemudian ditetapkan menjadi hari lahir Rumah Sakit Emanuel. Pertengahan tahun 1972 BP Emanuel berpindah dari tempat lama (komplek GKJ sekarang) ke tempat baru (RS. Emanuel sekarang).
Pada 24 Oktober 1981, diresmikanlah RUMAH SAKIT EMANUEL oleh Bupati Banjarnegara. Rumah Sakit Emanuel adalah salah satu dari 11 RS milik Yayasan Kristen untuk Kesehatan Umum (YAKKUM) yang berpusat di Surakarta, dengan 145 tempat tidur.
Rumah Sakit Emanuel telah mengikuti proses Akreditasi Penuh (5 bidang pelayanan) pada pada April 1998, Penuh tingkat janjut (12 bidang pelayanan) pada Juni 2002, Penuh tingkat lanjut (12 bidang pelayanan) pada Februari 2009, Akreditasi Paripurna KARS pada November 2015, dan Akreditasi Paripurna KARS pada November 2022.
